El hospital San Francisco de Llay Llay, es un establecimiento de baja complejidad técnica y alta complejidad social, que cuenta con 45 camas distribuidas en los Servicios de Medicina, Pensionado, Pediatría y Maternidad, además cuenta con unidades de Apoyo como la Unidad de Emergencia Hospitalaria (UEH), Unidad de Kinesiología, Laboratorio Clínico e Imagenología. 

En lo que respecta a Atención Cerrada y unidad de emergencia, la población usuaria pertenece a las comunidades de Llay-Llay y Catemu, lo cual suma una población de 35.958 habitantes (según Censo 2002), a esto se agrega una cantidad menor de personas provenientes de otras comunas cercanas, tales como Panquehue, Rungue y Montenegro, estas dos últimas, pertenecientes a la Región Metropolitana. 

Cuenta la historia que la planta física del Hospital de Llay Llay fue construida entre los años 1963 y 1964, y debió ser entregada apresuradamente para su uso, debido a que el terremoto del 28 de Marzo del año 1965, arruinó por completo las dependencias del entonces Consultorio - Hospital llamado "Seguro Obrero". 

En sus inicios, el Hospital de Llay Llay contaba con 2 médicos cirujanos, 1 enfermera y aproximadamente 20 auxiliares de enfermería. Las primeras atenciones se realizaron con el edificio aún sin terminar, es decir, tan sólo contaba con la obra gruesa. En el transcurso del año 1965 fue terminado, situación que generó problemas tanto para la construcción como para la atención de pacientes. Para dar un ejemplo, el sector de Medicina Hombres constaba de 3 salas de hospitalización, una clínica de tratamiento, un pensionado y no se consideró baño en ese sector. 

Hasta el año 1980 se mantuvo relativamente estable la planta del personal y a contar de esa fecha se fue incrementando, así las enfermeras pasaron a ser 3 en el año 1971 y progresivamente se incrementó hasta 6 profesionales, la planta de auxiliares de enfermería de 20 se amplió hasta 56 auxiliares técnicos de enfermería. 

Desde 1965 hasta febrero de 2011 el Hospital funcionaba con un consultorio adosado de atención primaria, con recurso humano compartido. 

En el año 2009 se selecciona por Alta Dirección Pública a la Directora, Sra. Gloria Leiva Espinoza, Enfermera Matrona, quien lidera el año 2011 la separación de la atención primaria, que se instala en edificación recientemente construida, a dos cuadras del hospital, lo cual implica separación de planta de recursos humanos y de administración. 

Actualmente, el hospital cuenta con 109 funcionarios, entre médicos en etapa de destinación y formación, enfermeras, matronas, kinesióloga, tecnólogos, educadora de párvulos, químico farmacéutico, asistente social, nutricionista, psicopedagoga, técnicos paramédicos, auxiliares de servicio, administrativos, contador, ingeniero comercial. 

Desde el punto de vista organizacional, desde el año 2010, está en proceso de certificación como Hospital de la Familia y la Comunidad, en lo cual trabaja un equipo multidisciplinario de modo de instalar el Modelo de Atención Integral con enfoque Familiar y Comunitario instruido por el Ministerio de Salud.

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